На присоединённых западных территориях от побережья Финского залива до побережья Чёрного моря вводились советские порядки. Только в первую депортацию по всем трём странам Прибалтики были арестованы и высланы 40 тыс. чел. Перед началом войны с Германией было принято постановление СНК и ЦК ВКП(б) по очистке Литовской, Латвийской, Эстонской и Молдавской республик «от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента». К этому контингенту относились бывшие члены национальных политических партий, полицейские, помещики, фабриканты, крупные чиновники, офицеры, а также уголовники. Всего из новых западных областей СССР было депортировано около 380—390 тыс. чел. Если на первых порах значительная часть населения готова была поддержать новую власть (или смириться с ней), то по мере развёртывания репрессий всё шире распространялись антисоветские настроения.
