Создание новых учреждений на местном уровне потребовало изменений и в центральном аппарате. Многие коллегии утрачивают прежнюю значимость и передают ведение дел в губернии. В неизменном виде сохранились лишь Военная, Адмиралтейская коллегии, коллегия Иностранных дел да ещё Синод, полностью подчинённый светской власти. Правда, процесс закрытия и реформирования коллегий растянулся на десятилетия, поскольку в них накопилась масса нерешённых дел.
