Одна из проблем Санкт-Петербурга — наводнения. С 1703 по 2009 г. зарегистрировано 306 наводнений, т. е. подъёмов уровня воды в дельте Невы,

Частично вклад в загрязнение Финского залива внесли сооружения по защите Санкт-Петербурга, от наводнений - дамба уменьшила водообмен Невской губы с восточной частью залива на 20%. Началось заболачивание мелководных частей Финского залива между Санкт-Петербургом и дамбой, поскольку ослабленные дамбой штормы не способны в достаточной степени очищать Невскую губу от поселяющихся там растений.