Красные и бурые водоросли отличаются друг от друга набором пигментов, что приводит к отличиям в местах их обитания. Красные водоросли, помимо хлорофилла и каротиноидов, содержат красные пигменты – фикоэритрины, а также синий пигмент – фикоцианы. Соотношение этих пигментов даёт специфическую окраску – от малиново-красной до голубовато-стальной. Запасающим веществом у красных водорослей является багрянковый крахмал. Для бурых водорослей характерна бурая окраска слоевища, от оливково-желтой до темно-бурой, что обусловлено сочетанием хлорофилла и каротиноидов.
