Если в 9 классе предметы были, а в 11 уже нет (например химия), то идут ли оценки за них в аттестат? Очень надо

Да, будет, но будет стоять та, которая была в 9 классе.

Оценки стоять будут. Но будут стоят которые были в 9 классе. Например в 9 классе по предмету химии у тебя стояла четвёрка, то в 11 классе тоже будет стоять четверка