Нижнее соединение Венеры повторяется через 1 год 7 месяцев. Почему прохождение Венеры по диску Солнца бывает очень редко (через 121,5 года, 105,5 и 8 лет)?

Потому что венерианская и земная орбиты не лежат в одной плоскости, они находятся под углом друг к другу.

То есть, чтобы увидеть прохождение Венеры по солнечному диску, одновременно должны совпасть НЕ ТОЛЬКО положение Земли и Венеры на одном радиане Солнца, но ЕЩЁ И точка пересечения венерианской орбитой плоскости земная орбита-Солнце.

Тут нужно не двухмерное, а трёхмерное совпадение.