Регион очень богат разнообразными поверхностными водами: крупнейшая река России — Обь с притоком Иртышом, многочисленные озера, крупнейшая в мире область болот — Васюганье. Причины изобилия поверхностных вод — избыточное увлажнение, плоский рельеф, многолетняя мерзлота.
