Нервная система более развита, чем у земноводных. Полушария переднего мозга имеют кору, образованную телами нервных клеток. Мозжечок сильно развит, поэтому движения пресмыкающихся более интенсивные и разнообразные. Хорошо развиты органы зрения, слуха и обоняния. Глаза защищены подвижными наружными веками и мигательной перепонкой. Имеются слезные железы, предохраняющие глаз от высыхания. Аккомодация двойная за счет перемещения хрусталика и изменения его кривизны. Органы слуха сходны с органами у земноводных, но барабанная перепонка, расположенная в углублении кожных покровов, образует зачаток наружного слухового прохода. Орган обоняния более дифференцирован. Имеются обонятельные ходы с парными ноздрями, открывающимися наружу.
