Архебактерии существенно отличаются от других микроорганизмов (эукариот и прокариот) по составу и последовательности нуклеотидов в рибосомных и транспортных РНК. Архебактерии разнообразны по типу обмена веществ, физиологическим и экологическим особенностям: среди них встречаются аэробы и анаэробы, хемогетеротрофы и хемоавтотрофы, нейтрофилы и ацидофилы. Некоторые архебактерии (галобактерии) обладают особым типом фотосинтеза, при котором свет поглощается не хлорофиллом, а бактериородопсином. Только некоторым архебактериям свойствен энергетический процесс, в результате которого образуется метан. Описано более 40 видов архебактерий (25 родов) , относящихся к 5 различным группам: метанобразующим, сероокиcляющим термоацидофилам, серовосстанавливающим термофилам, галобактериям, термоплазмам. Некоторые исследователи выделяют архебактерий в самостоятельное царство живых организмов — Archaebacteria, другие рассматривают архебактерий на уровне отдела (Mendosicutes) и класса (Archaeobacteria) царства прокариот.
Некоторые исследователи выделяют архебактерий в самостоятельное царство живых организмов — Archaebacteria, другие рассматривают архебактерий на уровне отдела (Mendosicutes) и класса (Archaeobacteria) царства прокариот.