Покровы тела представлены прочным эпидермисом, верхний слой которого ороговевает и постоянно слущивается. Его регенерация обеспечивается деятельностью нижнего, живого слоя эпидермиса. Сверху тело покрыто прочными роговыми щитками. Подобное ороговение эпидермиса и наличие роговых придатков (чешуи, щитков) имеют важное при значение, так как все это предохраняет животных от иссушения. Однако эпидермис вовсе не является водонепроницаемым, он просто задерживает воду, если животное оказывается в неблагоприятных условиях, например длительное время пребывает на солнце. На самом деле до 75 % от всей влагопотери осуществляется у крокодилов именно через кожу. Кожа крокодилов, как и кожа большинства рептилий, вплотную прилегает к телу и не образует подкожных лимфатических мешков, которые встречаются у многих амфибий. Кожные железы у крокодилов слаборазвиты, они расположены на нижней челюсти и у основания хвоста, наиболее выражены у молодых животных.
