Как определить чистоту породы животных или сортов растений, если фермер опасается получить в дальнейшем не желаемые результаты.

Нужно провести анализирующее скрещивание. 
Особь с генотипом - аа.
Если порода\сорт будет чистым (т.е. АА или аа), то мы получим одинаковых гибридов (только Аа или только аа). А если порода\сорт не чистые (т.е. Аа), то будет расщепление 1:1 (гибриды Аа и аа).