Почему человек которого разбудили в фазу быстрого сна чувствует себя хорошо, а человек разбуженный в фазу медленного сна плохо? при том, что каждый спал около трёх часов?

Потому что медленный сон- очень глубокий, крепкий, организм расслаблен полностью, все процессы в нём замедлены, а быстрый сон более поверхностный, неглубокий.