В основе своей хромосомы хранятся в ядрышке, находящееся внутри ядра клетки! Это если клетка эукариот (имеет ядро) , а если она прокариот (не имеет выделенного ядра) - то её хромосомы (сколько бы их не было) расположены внутри органической клетки где попало!
