Почему связи между остатками фосфорной кислоты в атф обозначены волнистой линией, а не обычной валентной чертой?

Потому что  между ними не обычная связь, а так называемая макроэргическая -  она не прочная и когда она разрывается при этом выделяется гораздо  больше энергии (примерно в 3-4 раза), чем при разрыве других видов связей.