По какой причине у некоторых растений среди всех корней явно выделяется один крупный корень, а у других корни растений не отличаются друг от друга

Это связано с тем что по этому критерию корневые системы разделяются на стержневую и мочковатую систему.При этом стержневая система имеет хорошо развитый главный корень, а мочковатая много придаточных корней.

Потому , что это корни разных критерий : стержневая и мочковатая.
И  они отличаются строением главных и придаточных корней)