У вакуолях зберігаються найрізноманітніші речовини, деякі із яких можуть мати поживну цінність. Так унасінні квасолі і гороху вакуолі містять велику кількість білків. Коли насіння проростає білки розщеплюються гідролітичними ферментами, а амінокислоти транспортуються через тонопласт у циптоплазму. Також вакуолі можуть накопичувати пігменти, такі якантоціанін, зокрема у пелюстках для приваблення запилювачів
