Мох Кукушкин лен — двудомное растение. Мужские растения имеют на верхушке красноватые листочки, между которыми находятся мешочки — мужские органы размножения. В них развиваются двужгутиковые сперматозоиды. У женских растений все листья зеленые. Между листьями на верхушке побега расположено по одному колбовидному женскому органу размножения. В его расширенной части образуется яйцеклетка.
