Зелёные водоросли входят в состав планктона и, развиваясь в большом количестве, вызывают цветение воды. Ульва, или морской салат, и монострома в Восточной Азии употребляются в пищу. Во многих странах разрабатывают наиболее рентабельные методы интенсивного культивирования одноклеточных Зелёные водоросли (хлорелла, сценедесмус и др. ) в качестве источника пищи и корма, для биологической очистки сточных вод, регенерации воздуха в замкнутых экосистемах (на космических кораблях, подводных лодках) и т. п. Нередко в озерах, заливах водохранилищ, затишных участках рек можно заметить довольно значительные участки с водой зеленоватого цвета. Это происходит в результате развития огромного количества сине-зеленых водорослей, имеющих, наряду с хлорофиллом, пигмент фикоциан, который и придает растениям сине-зеленую окраску. Именно эти водоросли изменению окраски воды. Подобное явление называется цветением воды. Массовое размножение водорослей ухудшает питьевые качества воды, придает ей различные запахи и привкусы. По мнению ряда исследователей, токсины сине-зеленых водорослей опасны для беспозвоночных, рыб и других водных животных. Однако существует и другое мнение, согласно которому растительноядные рыбы в значительных количествах поедают сине-зеленые водоросли без какого-либо вреда для себя, предпочитая их диатомовым и зеленым. Значение желто-зеленых водорослей как фототрофных организмов заключается прежде всего в создании первичной продукции в водоемах и в участии их в цепи питания гидробионтов. Желто-зеленые водоросли наравне со многими другими образуют сапропель (ил) . Обитая в водоемах, богатых органическими остатками, они могут служить показательными формами при определении степени загрязнения воды. В почвах они активно участвуют в процессах накопления органических веществ повышению плодородия.
