Почему один и тот же отдел растений называют двумя равнозначными: покрытосемянные и цветковые?

Цветковые - потому что орган полового размножения растений этого отдела - цветок.
Семяпочки этих растений расположены внутри завязи пестика. Семена, развившиеся из семяпочек после оплодотворения, спрятаны внутри плода, который образовался после того как цветок отцвёл. Отсюда - Покрытосеменные.