Митохондрии и хлоропласты более миллиарда лет назад были самостоятельными организмами. факты, свидетельствующие об этом:

Согласно симбиогенетической теории пластиды, как и митохондрии, произошли в результате «захвата» древней цианобактерии предшественником эукариотической «хозяйской» клетки. При этом внешняя мембрана пластид соответствует плазматической мембране хозяйской клетки, межмембранное пространство — внешней среде, внутренняя мембрана пластид — мембране цианобактерии, а строма пластид — цитоплазме цианобактерии. Наличие трёх (эвгленовые и динофлагелляты) или четырёх (золотистые, бурые, желто-зеленые, диатомовые водоросли) мембран считается результатом двух- и трёхкратного эндосимбиоза соответственно. 
У митохондрии есть днк,это доказывает то, что она была независимым организмом