Для каких аллельных пар справедлив третий закон менделя

Справедлив для наследования моногенных признаков (т. е. один признак - один ген) . Если за один и тот же признак отвечают несколько генов (т. е. при полимерии, классический пример - цвет кожи) , его применять нельзя. 
Если вопрос касается исключительно расположения генов, то закон не проявляется при сцепленном наследовании. Сцепление может нарушиться, если в процессе мейоза происходит кроссинговер. Чем дальше удалены аллельные гены друг от друга в хромосоме, тем выше вероятность кроссинговера.