Во-первых, развивается мощная и сложно организованная мускулатура на свободных конечностях.Во-вторых, в связи со сложными движениями мускулатура тела более дифференцирована, а характерная для рыб ее сегментация у амфибии нарушена метамерия мышечной системы выражена более четко у хвостатых и безногих. В свою очередь у бесхвостых ее можно увидеть только, в немногих местах туловища у взрослых форм и в личиночном состоянии.
Мышечная система у земноводных сложнее, чем у рыб. В связи с более сложными движениями в ней образовались разные группы мышц. Наиболее развиты у них прикрепляющиеся к костям сухожилиями мышцы конечностей (у бесхвостых земноводных) и мышцы хвоста (у хвостатых земноводных).
