Паразитические простейшие обитают в самых разнообразных органах своих хозяев; кожные покровы, подкожная клетчатка, мышцы, части скелета, различные паренхиматозные органы у различных хозяев могут быть поражены теми или другими простейшими. Особенно легко подвержены заражению ими пищеварительный тракт и его производные, куда эти паразиты попадают в вегетативном или в инцистированном состоянии. Наконец, весьма излюбленной средой обитания паразитических простейших является кровь; в кровяное русло простейшие попадают или через кожные покровы, будучи вводимы кровососущими переносчиками, или же активно проникают через слизистые оболочки, главным образом органов пищеварения. В теле человека встречаются различные простейшие, которые проявляют неодинаковое отношение к своему хозяину. Одни из этих форм являются истинными паразитами, так как питаются частями тела хозяина, производят разрушение его тканей, вызывают интоксикацию своими ядовитыми выделениями и в конце концов дают известный симптомокомплекс специфического заболевания (патогенные простейшие). Примером таких паразитов является дизентерийная амеба, питающаяся при известных условиях эритроцитами человека и разъедающая стенку кишки, малярийный плазмодий и др. Такие простейшие являются болезнетворными, или патогенными. Другие простейшие также типически живут в кишечнике человека, но питаются бактериями и остатками непереваренных частей пищи. Такие существа являются нахлебниками (комменсалистами), не причиняющими своему хозяину никакого вреда (например, кишечная амеба Entamoeba coli); их поэтому называют непатогенными простейшими.
