Причиною виникнення хвороби послужив тривалий скидання компанією «Chisso (англ.) Рос.» в воду затоки Мінамата неорганічної ртуті, яку донні мікроорганізми в своєму метаболізмі перетворювали в метилртуть - один з найбільш токсичних нейротоксинов, багаторазово більш токсичний, ніж неорганічні сполуки ртуті. Це з'єднання має схильність до накопичення в організмі, в результаті чого концентрація цієї речовини в тканинах організму зростає з підвищенням його положення в харчовому ланцюжку.
