Моделювання біологічних систем є важливим завданням системної та математичної біології. Обчислювальні системи біології націлені на розвиток та використання ефективних алгоритмів, структурних даних, візуалізації та засобів комунікації з метою комп'ютерного моделювання біологічних систем. Це передбачає використання комп'ютерного симулювання біологічних систем, включаючи як клітинні підсистеми (наприклад, мережі метаболітів і ферментів, які містять обмін речовин, сигнальні шляхи і генні регуляторні мережі), так і аналіз та візуалізацію складних з'єднань цих клітинних процесів . Штучне життя або віртуальна еволюція намагається зрозуміти еволюційні процеси за до комп'ютерного моделювання простих форм життя.
