Вкаком случаи используют термин "хромотин", а в каком "хромосома"?

Не хромотин, а хромАтин.

Хроматин - вещество составляющее основу цепи, а хромосома - две хроматиды - сама спирать проще говоря.

Хроматин - структурная единица ДНК, РНК, белков.

Хромосома - незамкнутая молекула ДНК (которая состоит из хроматин).