Почему prepare употребляется здесь с окончанием ed, а не ing? a: did sally help you with the dinner party last night? b: no, we had prepared everything by the time she got home

Потому что это время Past Perfect

Это Present Perfect,а не Continuous,потому что в данном тексте(диалоге) показывается завершенность действия,а не длительность процесса при совершении действия