Как правильно задавать вопросы в сложноподчинённом предложении ? вы знаете, что это ? - do you know, what it is ? or do you, what is it? or you know, what is it? объясните,

Вопрос простой и вопрос в составе сложноподчинённого предложения - это разные вопросы. У них разный порядок слов. Сравните:
What is it? что это?
Do you know what it is? Ты знаешь, что это ?
В сложноподчиненном предложении в вопросах прямой порядок слов, то есть сначала подлежащее, а уж потом глагол.
например:
Can you tell me where the bus station is? Вы не подскажете, где автобусная остановка?
Where is the bus station? Где автобусная остановка?
Чувствуете разницу?