Объясните написание "are" и "is" в таких специальных вопросах? например: who is that man? и who are you? то есть почему в первом вопросе "is", а во втором "are" ?

Для глагола "to be" существуют личные формы, которые соответствуют разным лицам:

I am, You are, he (she, it) is...

Это просто нужно выучить

Все просто. IS это форма используется с единственным числом. he is man. she is women. it is bad.
а так как на английском you это Вы является множественным числом, то и используется are. You are men. They are men. We are men.