Вкаких случаях ставится at, а в каких in the? например, почему in the morning - at night, а не at morning и in the night? какие есть правила?

В английском языке если подразумевается что она в школе учится, а не просто в здании школы, то артикль не ставится. то же самое правило действует с такими словами, как university, prison, church, hospital. 
Сравните: 
I go to school every day. My mother went to the school for the parents' meeting. 
В первом случае человек ходит каждый день в школу,потому что учится там. Во втором случае мама пришла просто в здание школы на родительское собрание.